Os organismos multilaterais de fomento tem grande preocupação quanto à independência da equipe de auditoria, pois receiam que o trabalho dos auditores possam sofrer influências que o comprometam.
Neste sentido, o órgão de controle credenciado para realização de auditorias para estes organismos, compromete-se, quando do aceite, a garantir a independência da unidade técnica e da equipe na realização de seus trabalhos, inclusive quando da apreciação do relatório de auditoria pelo plenário.
O relatório é apreciado pelo plenário do órgão de controle para conhecimento e aprovação de encaminhamento, o que não significa que irregularidades eventualmente apontadas deixam de ser apreciadas em outras instâncias pelo órgão de controle.